在太陽花學運從立法院議場撤出後，大陸國台辦發言人范麗青於四月十六日例行記者會上指出，兩岸協商中沒有已簽協議重新談判的先例，等於間接否定了陸委會主委王郁琦所稱：「兩岸服貿協議如果經立法院修改，行政部門沒有選擇，只好跟大陸重新談判」。
同時，范麗青還特別強調，台獨勢力藉由兩岸協議監督之名，企圖將「兩國論」和「一邊一國」的台獨主張塞入法條，達到其破壞兩岸協商和兩岸關係和平發展的目的。這樣的發展凸顯出太陽花學運對兩岸關係的影響，已經超乎大陸原先對於兩岸關係前景的研判，其未來之正向，值得重視。
根據大陸涉台機構的評估，二○○八年以來，兩岸恢復協商已達成二十一項協議，不但鞏固了「反台獨」和「九二共識」的政治基礎，在維護一個中國框架的共識也提高了，而「王張會」也確立互訪及建立常態化工作機制。特別是除針對中南部提出特殊政策之外，也促使民進黨檢討中國政策，甚至於產生「凍結台獨黨綱」的提議，也被視為有效地壓制台獨。
然而，服貿協議在台灣內部所造成的爭議，是大陸始料未及的。例如去年六月下旬，擔任服貿協議主談人的大陸商務部台港澳司長陳星在香港舉辦的「兩岸關係的發展與創新」研討會期間，表示「非常震撼」，也表示「她完全沒有聽到台灣方面說過開放的內容會引起很大的反彈」，尤其顯示當屬於中小企業、微型企業與眾多基層民相關的印刷出版、洗衣店、中西藥與美容美髮業對服貿協議產生疑慮時，並不符合大陸增進兩岸互信的政策意旨。
如今，反服貿學生團體占領立法院長達二十四天，並且造成近五十萬人上街頭聲援，更是對大陸而言，實為始料未及。雖然大陸一再強調協議的實施，有助於共同提升兩岸服務業的國際競爭力，「給台灣民眾帶來了實實在在的利益」，但是台灣社會對於服貿協議與兩岸關係快速發展的疑慮，的確是大陸不能忽視的事實。
對此，國台辦主任張志軍出席博鰲亞洲論壇二○一四年年會時表示，太陽花學運事件給他「一個啟示」，並承認「兩岸經貿受益面不均衡，受益更多是大企業，而不是中小企業和基層民眾」，進而希望訪台能與基層民眾和中小企業等各領域的人接觸，無疑顯示未來大陸將根據今年兩會報告有關「擴大與臺灣民意代表、社會組織和團體的交流」的要求，力求解決台灣社會對兩岸關係「互信不足」的問題。
至於服貿協議，雖然大陸國台辦發言人范麗青強調：「兩岸兩會獲授權協商所達成協議的權威性，應該得到維護」和「沒有已簽協議重新談判的先例」，但是國台辦經濟局長徐莽在博鰲兩岸企業家圓桌會時說：「台灣方面要考慮好，如果他們提出，再研究吧！」的說法，似乎也顯示未來即使協議經立法院「修改」或「保留」的通過決議「通知」大陸後，大陸是否要求重新協商，或是同意台灣有疑慮的項目可以先不實施，而讓協議生效，將是值得觀察的重點。
至於國會監督條例對兩岸關係的衝擊，將是大陸所嚴重關切的。由於學生占領立法院運動主要是因為談判前溝通不良以及立院委員會在「現場一片混亂」中通過送院會存查，被指責「違反程式正義」，導致行政院提出「協商議題形成階段」、「協商議題業務溝通階段」、「協議簽署前階段」、「協議簽署後階段」等四個階段，向立法院及社會大眾進行溝通以及諮詢，以及建置「國家安全審查機制」，以回應民間壓力，而民間版則標榜「公民參與、資訊公開、人權保障、政府義務、國會監督」五大立法原則，要求制訂「兩岸協定締結條例草案」。其中，民間版將「兩岸協議」定位為「兩國協議」，則讓國台辦強烈質疑，台獨勢力藉兩岸協議監督之名，企圖將「兩國論」和「一邊一國」的台獨主張塞入法條，達到其破壞兩岸協商和兩岸關係和平發展的目的。
此外，兩岸協議監督是否可能影響後續的兩岸談判，讓兩岸各項協商，受到人為的政治干擾，更是其所擔心的。正因為如此，大陸明確表示，「不希望兩岸協商包括《貨貿協議》在內的ECFA後續協商受到影響。」
當然，在台灣內部「先立法再審查」的政治局勢觀察，服貿協議的生效時間，將決定於國會監督條例能否盡快順利完成立法。假設未來監督條例難以完成立法程式，則其對《貨貿協議》談判的影響，將會是另一個值得觀察的重點。
